Transcriptomics: from Microarrays to Spatial Transcriptomics
07/11/2022
Last week, Lara Nonell, Bioinformatics Unit group leader of Vall d’Hebron Institute of Oncology (VHIO) came to ESCI-UPF to talk about transcriptomics.
Science Bits: Entrevista a Sergi Beneyto
Sergi Beneyto, estudiant de doctorat al Lars Velten Group del Centre de Regulació Genòmica de Barcelona (CRG), ens acosta la recerca que fan en càncer, en concret la leucèmia, i ens explica com ha arribat fins l’etapa doctoral.
La leucèmica és un tipus de càncer que afecta als glòbuls blancs, cèl·lules que es troben a la sang i que formen part del sistema immune. Aquest càncer és freqüent en nens i, només el 2017, en va afectar 5.424 només a Espanya. Tot i que cada any milloren significativament els pronòstics, la recerca continua sent essencial per entendre millor aquesta malaltia.
Explica’ns què vas estudiar i per què ho vas escollir.
Vaig estudiar un grau en Bioquímica i Ciències Biomèdiques a la Universitat de València perquè a l’institut ja m’interessava molt la Biologia molecular i la investigació. Després vaig fer un màster en Biociències moleculars a la Universitat de Heidelberg, a Alemanya. Com que encara no sabia quin era el camp de recerca que més m’agradava, vaig decidir fer un màster relativament general. I va ser durant aquest període que vaig aprendre Bioinformàtica i vaig decidir continuar en aquest camp de recerca durant el doctorat.
Pensaves dedicar-te a la recerca quan vas acabar el grau? Què et va motivar a dedicar-te a fer recerca?
Un cop acabat el grau tenia clar que volia fer recerca perquè m’agradava la idea de tractar de resoldre preguntes sobre alguns aspectes de la biologia molecular a més de tenir la possibilitat de descobrir coses noves. Un altre aspecte que també m’agradava era la possibilitat d’intercanviar idees i de tenir un contacte proper amb persones amb diferents backgrounds i experiències.
Quines línies de recerca seguiu al vostre laboratori? Ens podries explicar en què consisteix la teva investigació?
Aquest any he començat a fer el doctorat al grup de Lars Velten al CRG. El nostre laboratori està interessat en l’estudi de les cèl·lules mare hematopoiètiques (HSCs) utilitzant single-cell genomics i biologia sintètica. Estem per una banda centrats a estudiar les xarxes de regulació de la diferenciació de les HSCs utilitzant tècniques de biologia sintètica i neural networks per a l’anàlisi. Per altra banda, estudiem un tipus de leucèmia que s’origina a partir de les cèl·lules mare de la sang (Acute Myeloid Leukemia, AML). Particularment, volem caracteritzar les cèl·lules mare d’aquest càncer que són responsables de la severitat d’aquesta patologia. Per això utilitzem mètodes per a detectar diferents modalitats de dades (transcriptòmica, mutacions nuclears, accessibilitat de la cromatina…) a nivell de cèl·lula individual per a després integrar-les amb la intenció de trobar diferències entre les cèl·lules mare de leucèmia i les sanes i també estudiar l’evolució del càncer (realitzant el que s’anomena clonal tracking a nivell de cèl·lula individual).
El nostre laboratori és per tant una mescla entre biologia experimental i bioinformàtica, tot i que aquesta última té un component més important.
Què tens pensat fer quan acabis el doctorat?
Tot just acabo de començar el doctorat, però la idea que més m’atrau és continuar fent recerca probablement com a postdoc. No obstant això, altres possibilitats a la indústria també em son interessants, per exemple com a data analyst o similars.
Amb quines activitats complementes la teva vida professional?
Fora del doctorat m’agrada molt practicar esports, en particular córrer, tant per la ciutat com per la muntanya. També m’agrada el bàsquet i el senderisme. Altres activitats que m’agraden són viatjar, llegir i quedar amb els meus amics.
Què li diries a algú que estigui acabant el grau de Bioinformàtica?
Els recomanaria que segueixin en el camp de la Bioinformàtica, degut a què en biologia dia a dia és més necessari tenir investigadors amb aquesta formació perquè cada vegada es generen més i més dades sobre sistemes biològics. Això fa que amb aquesta formació es pugui fer recerca en quasi qualsevol camp de la Biologia. A més, les qualitats que ara tenen i les que adquiriran son transferibles a la indústria en cas que no estiguin interessats a fer recerca acadèmica.
Alexis Molina, alumni del BDBI
Laura Serra, alumna del BDBI
07/11/2022
Last week, Lara Nonell, Bioinformatics Unit group leader of Vall d’Hebron Institute of Oncology (VHIO) came to ESCI-UPF to talk about transcriptomics.
17/06/2021
Sara Lahoz, estudiant de doctorat al laboratori de Genòmica Translacional del Càncer Colorectal de l’IDIBAPS, ens acosta la seva recerca i repassa la seva trajectòria professional.
10/06/2021
Maria José Falaguera, estudiante de doctorado en el laboratorio Systems Pharmacology, nos explica su experiencia profesional y académica investigando dentro del campo de la polifarmacología.
Leave a message