“Realizo un atlas de las células inmunes en las amígdalas”

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En 2009, empezó a utilizarse un nuevo método de secuenciación, Single-Cell sequencing, que consiste en examinar la información de la secuencia de células individuales con NGS optimizadas, proporcionando una mayor resolución y comprensión de la función de una célula individual. En el grupo de Single Cell Genomics del CNAG, estudian la integración de distintas tecnologías a nivel de célula única y espacial para elucidar las causas de la formación de distintos fenotipos. En el laboratorio de Biomedical Genomics del CNAG centran su investigación en la extracción, análisis y reanálisis de datos genómicos de estudios biomédicos.

Cuéntanos qué estudiaste y por qué lo escogiste.

Estudié Bioquímica y Ciencias Biomédicas en la Universitat de València. Con 18 años poca gente tiene claro qué estudiar y yo era uno de ellos. Al final, uno valora cuáles son sus puntos fuertes, qué le gusta en ese momento y decide qué estudiar. 

En mi caso, diría que lo que me decantó por este grado es el feedback que tenía de alumnos que lo estaban cursando y el auge que estaba teniendo este campo frente a otras carreras “bio”. Este grado, además del background científico, me descubrió que el wet lab no sería mi futuro. Esto me llevó a buscar alternativas y fue cuando conocí la opción de hacer ciencia con un ordenador y de forma masiva (Big Data) y mi motivación cambió. 

Cuando acabé el grado, me mudé a Barcelona para estudiar un máster en Bioinformática en la Universitat Autónoma de Barcelona y, ese mismo septiembre, empecé el doctorado en el CNAG-CRG en los grupos del Dr. Ivo Gut y del Dr. Holger Heyn. 

¿Pensabas dedicarte a la investigación cuando terminaste el grado? ¿Qué te motivó a dedicarte a investigar?

Supongo que es la pregunta que todos y todas nos hacemos: ¿en qué momento llega la señal de que quiero investigar? Crecemos con el conocimiento de la precariedad e inestabilidad a la que está sometida la ciencia y, obviamente, a nadie le motiva ese mundo. Por tanto, cuando acabé el grado no tenía claro qué hacer y la investigación era una de las muchas posibles opciones. Sin embargo, encontrar un grupo donde te sientes valorado, encontrar un sitio donde poder crecer motivado tanto profesional como personalmente y, sobre todo, un grupo humano excepcional, fueron las claves de mi decisión. 

No obstante, en mi caso, no fue una decisión que tuviese clara al 100%. Al final es parecido a la situación de la carrera, pero con mayor visión de futuro: qué me gusta, qué me gustaría hacer y qué pasos podrían ser interesantes para alcanzar ese objetivo. El doctorado, pese a ser una etapa complicada, te permite madurar y crecer mucho profesionalmente, por lo que lo afronté como un reto personal.

¿Qué líneas de investigación sigue tu laboratorio? ¿Nos podrías explicar en qué consiste tu investigación?

Como he dicho antes, tengo la suerte de pertenecer a dos grupos distintos y tener dos supervisores líderes en sus campos como el Dr. Gut y el Dr. Heyn. 

Por un lado, Holger Heyn dirige el grupo Single Cell Genomics en el CNAG, donde nos centramos en la integración de distintas tecnologías a nivel de célula única (scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiOme) y espacial (spatial transcriptomics) para elucidar las causas de la formación de distintos fenotipos, fundamentalmente en muestras oncológicas, y con una gran perspectiva traslacional. 

Por otro lado, Ivo Gut es el director del CNAG y dirige el grupo de Biomedical Genomics, donde realizamos estudios multi-ómicos con bulk technologies para buscar la relación entre cambios a nivel genómico y/o transcriptómico, su consecuencia a nivel proteómico y su correlación con una enfermedad en particular. 

En mi caso en concreto, lidero el análisis de redes de regulación génica (Gene Regulatory Network Analysis, GRNA) a nivel de célula única y estoy aplicando estos análisis en distintos contextos biológicos como organoides tumorales y, fundamentalmente, muestras de pacientes tanto sanas como patológicas. Formo parte de un gran proyecto europeo (BCLL@tlas) que engloba también al IDIBAPS y, por tanto, somos muchos los que trabajamos de forma coordinada. En este proyecto buscamos realizar un atlas de todos los tipos celulares inmunes que habitan en las amígdalas con el objetivo de que sirva de referencia para futuras anotaciones. Además, este atlas también tiene como objetivo permitir establecer el origen celular de neoplasias que derivan de células inmunes como la leucemia linfoide crónica o la leucemia linfoblástica aguda. De esta forma, pretendemos descifrar a nivel de célula única los mecanismos moleculares que subyacen en la diferenciación de las células inmunes y su transformación neoplásica. 

¿Qué tienes pensado hacer cuando acabes el doctorado?

Después de qué quieres estudiar y de qué vas a hacer cuando acabes la carrera/máster, esta es la siguiente “pregunta del millón”. Yo creo que la respuesta a esta pregunta se va madurando durante el doctorado, pues es la primera etapa en la que puedes valorar si una vida dedicada a la ciencia se adapta a ti o no. Personalmente, llevo solo 6 meses y, de momento, estoy muy contento con la experiencia y cómo están saliendo las cosas. Sin embargo, mentiría si dijera que no tengo también en mente opciones fuera de la academia, tanto a nivel de industria como algún cargo de función pública. Pero como digo, por el momento estoy centrado en disfrutar de la experiencia y poder crecer al máximo, el siguiente paso será problema del Sergio del futuro lejano al que le ayudarán el Sergio del pasado, el del presente y el del futuro próximo. Espero. 

¿Con qué actividades complementas tu vida profesional?

Aunque parezca mentira, diría que el doctorado complementa a la perfección mi vida social y no a la inversa. Me gusta aprender e indagar sobre temas que me interesan y es algo que la “libertad” del doctorado me permite hacer. No sabes cuándo puedes usar esa nueva estrategia en tu análisis (spoiler, el 90% no las aplicas). No obstante, disfruto mucho (y se hace necesario) abstrayéndome de la ciencia yendo al gimnasio por las tardes o quedando con los amigos para ver el fútbol los fines de semana. 

¿Qué le dirías a alguien que esté terminando el grado en Bioinformática?

Primero te diré que estás en el sitio adecuado y en el momento oportuno, solo tienes que buscar tu sitio. No sé si soy todo lo objetivo que me gustaría ser, pero realmente creo que la bioinformática marca un antes y un después en la ciencia. La veo imprescindible en cualquier grupo, ya sea wet o dry lab. 

Segundo, me gustaría decirte que esa sensación de “no sé nada y todo el mundo sabe más que yo” es normal (o al menos yo la sigo teniendo). Es un campo en continua evolución y que te exige estar actualizado, pero eso también te da la oportunidad de cogerte rápidamente a las últimas tecnologías. El continuo desarrollo de las metodologías implica que se necesitan constantemente expertos y expertas que nos expliquen estas estrategias tan innovadoras a los que no las entendemos. Quién sabe, quizá seas tú el próximo experto en {inserta aquí lo que tú quieras}. Confía en ti. 

Por último, el mensaje que me gustaría que te llevaras de esta entrevista es que no tengas miedo a equivocarte. El fin último es encontrar un sitio que te llene y te motive día a día a seguir mejorando, y para llegar a él no hay solo un único camino. No tengas miedo a enviar un correo a un grupo que te guste, ¿qué es lo peor que puede pasar? ¿Que no te contesten? (tus contactos de WhatsApp seguro que también lo han hecho alguna vez y no por ello dejas de enviarles mensajes). No tengas miedo a empezar una nueva aventura, la bioinformática se aprende haciendo: si no sale como esperabas, ya sabrás algo más que antes. No tengas miedo de qué te deparará el futuro, equivócate, rodéate de gente top, haz tu propio camino, confía en ti y busca TU sitio ideal, te está esperando. 

Y si quieres más información, ¡escríbeme en Twitter (@saguilarfer) con total libertad! 

Alexis Molina, alumni del BDBI
Laura Serra, alumna del BDBI